La Fundación Universidad Empresa de la Región de Murcia recibió el 15 de julio de 2004 la certificación ISO-EN-UNE 9001:2000, una norma que acredita la implantación de este sistema de calidad. Esta certificación afecta a todos los departamentos, así como a su Escuela de Negocios, ENAE.
Se convierte así en la cuarta Fundación Universidad Empresa en obtener la certificación a nivel nacional.

Acuerdos con otras escuelas extranjeras: 

Estados Unidos:
Ilinois Institute of Technology- Stuart Graduates School  of Business
Rhode Island University 
Northern Illinois University

México :
Universidad de Monterrey
Universidad de Yucatán

Ecuador: 
Universidad Metropolitana

Perú:
Universidad del Pacífico

Polonia:
Warsaw Agricultural University , Sggw

Republica Checa:
Institute for Industrial and Financial Management, ipfm

Nicaragua
Universidad Iberoamericana de Ciencia y Tecnología, UNICIT

Marruecos
Moroccan School for higher studies in business and computer science, Casablanca